Päivitykset kuukaudelta joulukuu, 2014 Näytä/piilota kommentit | Näppäimistön pikavalinnat

  • nopoles 1.39 / 12.12.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Genomiparvi eli lukemista linnuista 

    Ohhoh, nyt tuli lukemista linnuista. Tutkijaporukka julkaisi tänään kahdeksan(!) artikkelia Science’issa(!) ja 20(!) artikkelia muissa lehdissä (Zhang ym. 2014).

    Guardianin jutusta pääsee varmaan vähän alkuun…

    Katsotaanpas:
    -200 tutkijaa 20 maasta
    -Koko genomi selvitetty 45 lintulajista
    -Yhdeksan supertietokonetta rouskutti dna-datasta sukupuuta käyttäen prosessoriaikaa yhteensä 400 vuotta
    -Flamingot ovat melko melko lähellä kyyhkyjä ja jalohaukat melko lähellä papukaijoja
    -Linnut hukkasivat geenien perusteella hampaansa reilut sata miljoonaa vuotta sitten
    -Eri linturyhmät ”keksivät” laulamisen toisistaan riippumatta
    -Petolintu oli ensin: lintujen viimeinen yhteinen esi-isä oli huippupeto
    -”Pingviinigeenejä” löydetty

    Viite: Zhang, H, Jarvis, E, D. Thomas, M. ja Gilbert, P. 2014: A flock of genomes. Science 6215:1308-1309

    Töyhtötiainen Parus cristatus

     

     
  • nopoles 22.00 / 11.12.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Koevoluutio on syyllinen 

    Hyvät lukijat, tämä tarina on tosi.

    Kolme metsästäjää löytyy leiristään kuolleena. Mitään väkivallan merkkejä ei näy, eikä mitään ole varastettu tai rikottu. Ainoa johtolanka on nuotion kahvipannusta löytynyt pieni salamanteri, hännällinen sammakkoeläin. Poliisi jättää tutkimuksen kesken muiden johtolankojen puutteessa.

    Kymmenen vuotta myöhemmin biologi alkaa selvittää tapausta, olisiko kahvipannusta löytynyt salamanteri – länsirannikonsalamanteri eli Taricha granulosa – myrkyllinen ja metsästäjät kuolleet salamanterin myrkkyyn napattuaan sen vahingossa kahviveteensä? Pian selviää, että onhan se myrkyllinen – järkyttävän myrkyllinen – yhden pyrstösammakon myrkky riittäisi tappamaan kymmeniä ihmisiä.

    Samaan aikaan toisaalla kemisti tutkii samaa salamanteria ja saa selville, että sen myrkky on tetrodotoksiinia, samaa vahvaa hermomyrkkyä, jota on esimerkiksi pallokaloilla.

    Mutta miksi? Myrkyn valmistaminen ei ole ilmaista. Mihin pikkuruinen salamanteri tarvitsee sellaisen määrän myrkkyä, että sillä tappaisi norsun? Oregonissa ei ole norsuja, eivätkä norsut syö salamantereita.

    Arvoitus alkoi ratketa onnekkaasti, kun biologi huomasi sukkanauhakäärmeen (Thamnophis sirtalis) nappaavan yhden biologin ämpäriin keräämistä salamantereista. Biologi ei ollut tutkinut myrkyn tehoa käärmeisiin ei ollut tutkittu koska ei pitänyt käärmeistä (kumma biologi!) – ja kas kummaa, peto ei ollut moksiskaan tetrodotoksiiniannoksestaan.

    Pieni sukkanauhakäärme veikeä kiemurteli pois supermyrkyllinen vesilisko vatsassaan.

    Supermyrkyllisen salamanterin arvoituksen takana oli evolutiivinen kilpavarustelu. Salamanterit ovat myrkyllisiä, mutta käärmeet kehittävät vastaiskuksi immuniteettiä myrkylle: tit for tat eli potut pottuina. Salamanteri lisää myrkyn määrää ja käärme parantaa vastustuskykyään – kierre on valmis.

    Lopulta myrkkyä on ihan valtava yliannos kaikille muille saalistajille kuin sukkanauhakäärmeille. Sukkanauhakäärmeet ovat kuitenkin mitä ilmeisimmin niin paha peto länsirannikonsalamantereille ja vastaavasti länsirannikonsalamanterit niin tärkeää ravintoa sukkanauhakäärmeille, Kilpavarustelu salamanterin ja käärmeen välillä jatkuu ja sivustakärksijöiksi voivat joutua viattomat metsästäjät, jotka haluavat vain keittää kahvia.

    Lähteitä:

    http://mentalfloss.com/article/56743/silence-newts

    https://www.youtube.com/watch?v=fAR4ri3zDjE&feature=youtu.be&a

    http://phys.org/news/2014-11-snakes-evolutionary-arms-poisonous-newt.html

    http://blogs.discovermagazine.com/loom/2011/06/21/a-beautiful-web-of-poison-extends-a-new-strand/

    Hanifin, C.T., Brodie, E. D. Jr ja  Brodie E. D. III 2008: Phenotypic mismatches reveal escape from arms-race coevolution. PLoS Biol 6: e60.

     
  • nopoles 0.11 / 29.11.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Jurassic world – tiede etenee, elokuva taantuu 

    Tehtiin sitten uusi dinosauruselokuva.

    Olisi ollut mahdollisuus tehdä jotain tällaista, mutta isommin:

    Uudesta elokuvasta voi katsoa jo traileria. Se ei lupaa hyvää.

    Alkuperäisessä Jurassic parkissakin oli virheensä – tahattomat ja tahalliset – mutta se teki hienon työn näyttämällä dinosaurukset aktiivisina, nopeina ja monimuotoisina eläiminä – sílloin vielä uutta ja jännittävää tietoa.

    Nyt olisi ollut tilaisuus näyttää kaikki se uusi ja jännittävä mitä dinosauruksista ja muista muinaisista matelijoista on saatu selville viimeisten parinkymmenen vuoden aikana.

    Rahasta ei olisi ollut kiinni. Elokuvan budjetti lienee isompi kuin kaikkien maailman yliopistojen paleontologian osastojen kymmenen vuoden budjetit yhteensä.

    Vähintäänkin olisi voinut antaa petodinosauruksille höyhenet.

    Ei annettu. Tältä näyttävät:

    höyhenetön kukko

    Sen sijaan tehtiin sinivalasta isompi mosasaurus yleisöakvaarioon polskimaan. 

    mosasaurusKuva: @Traumador

    Tehtiin myös hybridejä, eiväthän dinosaurukset ”enää” ole tarpeeksi siistejä ja hurjia sellaisinaan?

    Hyvä tietää, ettei kannata mennä elokuviin (paitsi jos trailerista on jostain syystä jätetty pois kaikki jännä ja kiinnostava).

    Sen sijaan voi lukea uunituoreen jutun uudesta notosauruksesta, isoimmasta sellaisesta mikä toistaiseksi on löydetty (Liu ym. 2014). Ei haittaa vaikkei oikein tiedä mitä notosaurukset olivat, en minäkään tiennyt. Tästä oppii. (Ovat plesiosaurusten – joutsenliskojen ja sellaisten – sukulaisia.)

    Ravintoverkko, fylogeneettinen puu, paleogeografinen kartta – oikein sydäntä lämmittää, tämä on tiedettä!

    Nothosaurus zhangi foodwebNothosaurus zhangi phylogenyNothosaurus zhangi Gondwana

    Viite: Liu ym. 2014: A gigantic nothosaur (Reptilia: Sauropterygia) from the Middle Triassic of SW China and its implication for the Triassic biotic recovery. Nature. Open access: pdf.

    Seuraa Jurassic World -keskustelua Twitterissä.

     
  • nopoles 22.21 / 19.10.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Ruskeita vihersammakoita ja vihreitä risteymäsammakoita 

    Luonnontutkijassa oli niin mainio kirjoitus vihersammakoista (Hoogesteger ym. 2014), että piti kirjoittaa tänne blogiin ihan sen pohjalta.

    Suomen sammakot ovat lähes järjestään ruskeita: sammakkolaji nimeltä sammakko (Rana ridibunda – eikun R. temporaria tietenkin, kiitos korjauksesta!), rupikonna (Bufo bufo) ja harvinaisempi viitasammakko (Rana arvalis).

    Kirkkaita värejä näkee Suomen sammakkoeläimistä lähinnä vain, jos yhyttää keväällä jostain pyrstösammakoita, joilla on harvinaisen epäonnistunut nimi ”vesilisko” (Triturus vulgaris), joiden koiraiden vatsassa on silloin kirkasta oranssia.

    Nimensä mukaisesti usein vahvasti vihreiden vihersammakoiden suvun (Pelophylax) sammakoita ei ole Suomessa havaittu, poikkeuksena Helsingin Vanhankaupungin tienoille 1930-luvulla jostain ilmestyneet mölysammakot (P. ridibundus), jotka sittemmin hävisivät – ei ennen kuin aivan viime vuosina, kun Lounais-Suomesta on alkanut yllättäen kertyä havaintoja vihersammakoista (Hoogesteger ym. 2014).

    Kermit

    Vihersammakoihin kuuluu mölysammakon lisäksi toinen siitä suhteellisen helposti ulkonäön, ääntelyn ja käyttäytymisen perusteella erotettava laji pikkuvihersammakko (P. lessonae).

    Siinä olikin sitten kaikki helppo ja yksinkertainen mitä vihersammakoiden lajeista voi sanoa…

    Mölysammakko ja pikkuvihersammakko ovat risteytyneet ja risteytyvät luultavasti edelleen ja tuloksena on syntynyt ruokasammakoita (P. kl. esculentus – missä kl. tarkoittaa kleptonia eli rosvoa) – juuri niitä, joiden reisiä ranskalaiset syövät.

    Eri puolilla Eurooppaa elää erilaisina yhdistelminä jompaa kumpaa tai molempia kantalajeja ja risteymälajia. Missään ei elä pelkkää risteymää eli ruokasammakkoa, koska lajin yksilöt ovat keskenään lisääntymiskyvyttömiä!

    Paitsi, että tämä ei olisi biologiaa, jos tähänkin sääntöön ei olisi poikkeusta… kirjoitan tarkemmin (osaksi triploideista) poikkeussammakoista myöhemmin.

    Risteymäsammakot ovat kuin kelpo laji, ne ovat erinäköisiä ja käyttäytyvät eri tavoin kuin kantalajinsa – paitsi että ne tarvitsevat lisääntymiseen jompaakumpaa kantalajia. Ruokasammakon on ”varastettava” puolet diploidien otusten suvullisessa lisääntymisessä tarvittavista kromosomeista pikkuvihersammakolta tai mölysammakolta.

    Mitä uusia sammakoita Suomesta sitten on löytynyt?

    Ensin oli huhuja vihersammakoista, jotka kuulostivat mölysammakoilta. Huhua ei kuitenkaan pystytty vahvistamaan (Hoogesteger ym. 2014).

    Sitten löytyi vihersammakoita, jotka ulkonäön ja käyttäytymisen puolesta vaikuttavat ruokasammakoilta – siis niiltä risteymiltä.

    Hienoin löytö olivat pienet ja ruskeat vihersammakot, jotka vaikuttavat vahvasti pikkuvihersammakoilta.

    Pikkuvihersammakot ovat yleensä nimensä mukaisesti vihreitä. Ainoat tunnetut ruskeat Pelophylax lessonaet – Ruotsin ja Norjan vähälukuiset ja Englannin jo sukupuuttoon kuolleet yksilöt – ovat siitä erityisen hienoja eläimiä, että ne ovat reliktejä: muistoja jääkauden kylmyyshuipun jälkeiseltä lämpökaudelta*.

    Mistä vihersammakot ovat nyt sitten yhtäkkiä putkahtaneet Suomeen?

    Risteymäsammakoiden kohdalla pidetään todennäköisimpänä, että sammakot ovat pompsahtaneet Suomeen (tarkemmin Ruskoon ja Piikkiöön) ihmisen – vahingossa (laivojen mukana) tai tahallaan – kuljettamina (Hoogester ym. 2014). Risteymät tuntuvat pärjäävän ilman kantalajejaan, joten niillä on porukassaan luultavasti mukana niitä triploideja poikkeusyksilöitä.

    Dna-tutkimuksia tarvittaisiin, että selviäisi mistä päin Eurooppaa Suomen ruokasammakot ovat kotoisin.

    Suomen – tarkemmin Kaarinan – ruskeat pikkuvihersammakot ovat nekin todennäköisesti seikkailleet tänne ihmisen mukana.

    Luontainen levittäytyminenkin on kuitenkin mahdollista, laji sietää murtovettäkin ja elää Ruotsissa myös ulkosaaristossa (Hoogester ym. 2014).

    Kaikkein jännittävin vaihtoehto olisi, että pikkuvihersammakoita olisi ollut Suomessa jääkauden kylmän jakson jälkeiseltä lämpökaudelta* asti, mutta kukaan ei niitä olisi tätä ennen huomannut!

    Epätodennäköiseltä tämä vaikuttaa sillä, niin kuin mölysammakon nimikin vihjaa, vihersammakoiden suku ei ole niitä maan hiljaisimpia, mutta toisaalta pikkuvihersammakon ääntely on ”vaimeampaa, tasaisempaa ja kehräävämpää” kuin mölysammakon mekastus. Ulkonäön perusteella pieni ruskea sammakko on vaikea havaita ja erottaa tavallisesta Rana temporaria -sammakosta – varsinkin, kun varmaankin aika harvalle on tullut mieleen etsiä Suomesta harvinaisia sammakkoerikoisuuksia.

    Dna-tutkimukselle olisi tilausta Kaarinan ruskeiden pikkuvihersammakoiden arvoituksen selvittämiseksi.

    Lähde: Hoogesteger, Tom, Rahkonen, Joel ja Karhilahti, Ari 2014: Suomen vihersammakot. Luonnontutkija 1: 4-18. Hieno ja perusteellinen kirjoitus, mukana myös runsaasti kuvia suomalaisista vihersammakoista.

    PS. Ai niin se vihersammakoiden genetiikka – triploidit sammakot sun muut – pitää kai perinnöllisyysfriikkien iloksi laittaa juttua siitäkin – ehkä tuonne kommentteihin sitten vähän myöhemmin…

    *Pakko mainita taas: elämme jääkautta tälläkin hetkellä! Jääkausissa on lämpimiä ja kylmiä vaiheita ja nyt on menossa yhden jääkauden lämmin vaihe, kylmiä vaiheita on vielä odotettavissa.

     
    • nopoles 12.18 / 21.10.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Enpäs jotenkin muistanutkaan, että sammakon ja vesiliskon nimiinkin on ehdotettu korjausliikkeitä: ne ovat matelijoiden ja sammakkoeläinten nimistötoimikunnan ehdotuksessa saaneet nimet ruskosammakko ja manteri.

      (Kiitos huomiosta, M.K.!)

      Vihersammakoista käytinkin Luonnontutkijan artikkelissa mainittuja uusia nimiehdotuksia, lähinnä koska ”syötävä sammakko” kuulosti niin pöljältä – luultavasti vähän koska ”syötävä” ja ”sammakko” oli jutussa kirjoitettu erikseen ja sanat myös taivutettu erikseen tyyliin ”syötävät sammakot”.

      Syötäviä sammakoita – erikseen kirjoitettuna – on maailmalla varmasti vaikka kuinka monta lajia.

      Syötäväsammakot – yhteenkirjoitettuna – ovat juuri tätä tiettyä ”lajia” – tai mitä nimitystä kahden lajin hybridistä, jotka eivät pysty keskenään yleensä edes lisääntymään sitten haluaa käyttääkään.

    • Tom Hoogesteger 13.38 / 20.11.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Erinomainen kirjoitus. On ilo ukea oma kirjoitukseni näin hienosti kansantajuistetussa muodossa. Kiitos tästä!
      Tavallisen sammakon tieteellinen nimi on tosin Rana temporaria. Rana ridibunda on mölysammakon (Pelophylax ridibundus) vanha nimi.
      Selitys taksoneista käyttämiemme suomenkielisten nimien kirjoitusasusta on seuraava. Matelijoiden ja sammakkoeläinten nimistötoimikunnan esittämät uudet nimiehdotukset ovat monilta osin epäjohdonmukaisia ja niitä olisi minun mielestäni syytä miettiä uudelleen. Artikkelin tekoon osallistuneet kollegani olivat aiheesta keskusteltuamme suuressa määrin samaa mieltä, joten päätimme käyttää artikkelissamme lajien vakiintuneita suomenkielisiä nimiä legendaarisen Arnoldin kenttäoppaan suomenkielisen version (1981)* mukaisesti.
      Siksi käytimme artikkelissa nimeä ”syötävä sammakko” erikseen kirjoitettuna. Tiedämme, että nykysuomen oppien mukaisesti se pitäisi periaatteessa kirjoittaa yhteen: ”syötäväsammakko”. Emme kuitenkaan löytäneet tämän muodon käytöstä tieteelliseksi lähteeksi kelpaavaa ennakkotapausta, joten päätimme konservatiivisesti käyttää tässä nimiasiassa referenssinä Arnoldin kenttäoppaan suomennosta ja siinä esitettyjä suomenkielisiä nimiä sellaisinaan ja muuttamattomina.

      Ystävällisin terveisin: Tom Hoogesteger

      Arnold E. N., Burton J. A., Ovenden D. W.: Euroopan matelijat ja sammakkoeläimet. Kustannusosakeyhtiö Tammi, Helsinki 1981. Suomalaisen laitoksen toimittaneet P. Viitanen, P. Koskela, E. Lindholm.

      • nopoles 20.03 / 20.11.2014 Pikalinkki | Vastaa

        Kiitos itsellesi! Tämähän on kunnia, että näistä eläimistä oikeasti tietävä ja niitä tunteva lukee ja kommentoi täällä 🙂

        Pitääpä korjata typo sammakon nimessä, sekoilin kyllä muutenkin noiden nimien kanssa, eivät ole ihan betonissa minulla sammakkoeläinten nimet…

        Omaa alaa olisi enemmän genetiikka. En ihan täysin päässyt jyvälle kaikista noista hybridisammakoiden lisääntymismetkuista. Katselin äsken pikaisesti mitä aiheesta olisi julkaistu ja tämmöinen Christiansen ja Reyer (2009) näytti lupaavalta. Ehkäpä luen sen ja jos sitten saisin aikaiseksi kirjoittaa aiheesta vielä jotain.

        Hankalaa tosiaan, kun uusissa nimiehdotuksissa onnistumisen taso on vaihtelevaa. Pitäisi löytää tie kompromissiin, jossa saataisiin yhdistettyä hyvät puolet vanhoista kunnon nimistä (hiphei, legendaarinen Arnold ym. on kirjahyllyssäni – löytö kirjaston poistomyynnistä) ja uusista käyttöön ne jotka ovat näppäriä ja paremmin tämän hetkisen systematiikan mukaisia. Ettei kävisi niin kuin nisäkkäiden kanssa, että uudet nimiehdotukset aiheuttavat paljon enemmän harmia kuin hyötyä. Joukossa on helmiä, mutta kokonaisuus on susi – eikä nisäkäskomitealla ollut kanttia myöntää virheitä eikä tarmoa tehdä lainkaan muutoksia ehdotukseensa.

        Syötäväsammakko pitäisi minusta kirjoittaa joka tapauksessa yhteen, oli niistä ennen käytetty tieteellisissä julkaisuissa (liekö sellaisia kuinka monta suomeksi?) ihan mitä nimeä vaan. *Yhden* eläimen nimen ei vaan kuulu suomeksi olla *kaksi* eri sanaa. Sekaannuksen vaarakin on tässä ilmeinen, kun niitä syötäviä sammakoita on maailmalla niin monta eri lajia.

        Tällaisiakin viisauksia tuli vastaan äsken googlatessa 🙂
        Jos sinun on syötävä sammakko, kannattaa se hoitaa heti aamulla” ja
        jos sinun on syötävä kaksi sammakkoa, syö rumempi ensin”.

        Nimistä (sekä nisäkkäiden että matelijoiden ja sammakkoeläinten) on enemmän keskustelua Maija Karalan Erään planeetan ihmeitä -blogissa: http://planeetanihmeet.wordpress.com/2014/03/22/mita-mielta-tsikusta-ja-manterista/

        Viite: Christiansen, D. G. ja Reyer, H. U. 2009: From clonal to sexual hybrids: genetic recombination via triploids in all-hybrid populations of water frogs. Evolution 63: 1754–1768

    • nopoles 10.36 / 28.9.2016 Pikalinkki | Vastaa

  • nopoles 16.29 / 15.10.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Puhumista itsekseen ja unissaan – viittomalla 

    Uudessa Tiede -lehdessä (@tiede_lehti) on Jani Kaaron juttu Martha’s Vineyard -saaresta. En ole lehteä vielä nähnyt – se tulee Heurekaan (@Heurekafi) ja näen lehden, kun minulla seuraavan kerran on siellä vaihteeksi työvuoro – enkä tiedä onko kirjoitukseen otettu mukaan seuraavaa tarinaa. Mutta se on niin ihana tarina, että se on kahdenkin kertomisen arvoinen (-:

    Neurologi Oliver Sacks (@OliverSacks) vieraili Marha’s Vineyardilla, kun siellä vielä oli elossa saaren kuuroa ja kuulevaa viittomakielistä kantaväestöä.

    Saarihan on kuuluisa siitä, että sen ihmispopulaatiosta hyvin suuri osa, noin neljännes, oli aikanaan perinnöllisesti kuuroja, niin että saarella käytännössä kaikki osasivat saaren viittomakieltä ja monelle kuulevalle se oli toinen äidinkieli.

    Seuraavassa Sacksin mainiossa Seeing Voices -kirjassaan (1989) kertoma tarina (suomennos omani):

    ”[…] puolisen tusinaa vanhoja ihmisiä juoruilemassa keskenään kuistilla. He olisivat voineet olla keitä tahansa vanhuksia, vanhoja naapuruksia, puhelemassa yhdessä – kunnes yhtäkkiä, hyvin hämmästyttävästi, kaikki vaihtoivat viittomakieleen. He viittoilivat minuutin verran, nauroivat ja vaihtoivat takaisin puheeseen. Tuolla hetkellä tiesin, että olin saapunut oikeaan paikkaan. Kun puhuin yhdelle vanhimmista siellä, huomasin toisen hyvin kiinnostavan asian. Vanha rouva, yhdeksissäkymmenissä, mutta terävä kuin partaveitsi, vaipui aina välillä rauhalliseen haaveiluun. Samalla hänen olisi voinut kuvitella neulovan, kädet jatkuvassa mutkikkaassa liikkeessä. Mutta hänen tyttärensä, joka oli myös viittoja, kertoi, että hän ei neulonut, vaan ajatteli itsekseen, ajatteli viittomalla. Unissaankin, minua valistettiin edelleen, vanha leidi saattoi tapailla osittaisia viittomia sängynpeitteeseen – hän näki unia viittomilla.

    Lähde: Sacks, O. 1989: Seeing voices. (Vintage Books edition 2000: s. 29-30)

    Oliver Sacks itsekin on jo 81-vuotias ja silmäsyöpäänkin sairastunut, mutta niin vain tweettailee ja kaikkea vielä hyvin aktiivisesti. Sacksin haastattelu: ”My interest in the deaf and Martha’s Vineyard” .

     
    • susanhaggerty 19.52 / 15.10.2014 Pikalinkki | Vastaa

      How wonderful that you made the connection with Seeing Voices! It’s been years since I read it, and I had forgotten that Sacks had been to Martha’s Vineyard and seen the Sign Language in use. I will have to go back and read it again.

      • nopoles 20.28 / 18.10.2014 Pikalinkki | Vastaa

        Yes, Seeing Voices definitely is a great book. I cited above this passage from the book:

        ”…saw half a dozen old people gossiping together on the porch. They could have been any old folks, old neighbors, talking together – until suddenly, very startlingly, they all dropped into Sign. They signed for a minute, laughed, then dropped back to speech. At this moment I knew I had come to the right place. And, speaking to one of the very oldest there, I found one other thing, of very great interest. This old lady, in her nineties, but sharp as a pin, would sometimes fall into a peaceful reverie. As she did so, she might have seemed to be knitting, her hands in constant complex motion. But her daughter, also a signer, told me she was not knitting but thinking to herself, thinking in Sign. And even in sleep, I was further informed, the old lady might sketch fragmentary signs on the counterpane – she was dreaming in Sign.”

        Have you read “The Island of the Colour-Blind and Cycad Island”? It’s another great book by Oliver Sacks (one of many)

        Oliver Sacks is not an ordinary tourist… (-: He has visited in addition to Martha’s Vineyard also Micronesian islands as a “neuroanthropologist” (his own wording): “intent on seeing how individuals and communities responded to unusual endemic conditions – a hereditary total colour-blindness in Pingelap and Pohnpei; a progressive, fatal neurodegenerative disorder [ALS or Parkinsonism –like; still mysterious] in Guam and Rota.

    • nopoles 21.24 / 18.10.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Oliver Sacks ei ole ihan tavallinen turisti.

      ”Neuroantropologin” seikkailut Mikronesiassa [täysin] ”värisokeiden saarilla” ja ”käpypalmusaarilla” [mystinen als/parkinsonismi -oire-epidemia] ovat ehdottomasti myös lukemisen arvoisia: ”The Island of the Colour-Blind and Cycad Island”

      http://www.amazon.com/The-Island-Colorblind-Oliver-Sacks/dp/0375700730#reader_B009UAO0MA

      • niin kuin kaikki muutkin Sacksin kirjat!
    • nopoles 12.41 / 20.10.2014 Pikalinkki | Vastaa

      I think Oliver Sacks’ book ”A leg to stand on” should be required reading for every medical student in the world 🙂

      It’s an autobiographical story about how a doctor, neurologist, becomes a patient.

      From the preface: ”I had never found myself a patient before, and now I was at once physician and patient. I had imagined my injury (a severe but uncomplicated wound to the muscles and nerves of one leg) to be straightforward and routine, and I was astonished at the profundity of the effects it had: a sort of paralysis and alienation of the leg, reducing it to an ’object’ which seemed unrelated to me; an abyss of bizarre, and even terrifying, effects. […] I found the abyss a horror, and recovery a wonder; and I have since had a deeper sense of the horror and wonder which lurk behind life and which are concealed, as it were, behind the usual surface of healt.

      … and this was ”only” about an injured leg… No doubt, after this incident Sacks had even more deep understanding of and he felt even more empathy with his patients than before.

      Videos:

      Oliver Sacks tells about his ”A leg to stand on book”: http://www.webofstories.com/play/oliver.sacks/152

      ”Why it took me nine years to write A Leg to Stand On”: http://www.webofstories.com/play/oliver.sacks/154

      Strange experiences even after the book was finally written and published (”Not quite a full recovery from my leg injury”): http://www.webofstories.com/play/oliver.sacks/153

    • nopoles 14.05 / 10.11.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Näin viimein Tiede-lehden jutun Marha’s Vineyardista. Hyvä juttu! Ja olihan siellä sama tarina itsekseen viittoilevasta ja viittomilla unia näkevästä vanhasta naisesta. Minkä olin unohtanut, oli että Oliver Sacksin vieraillessa saarella siellä ei ollut enää jäljellä yhtään kuuroa viittomakielistä ihmistä, joten kaikki Sacksin saarella tapaamat viittomakieliset ihmiset olivat kuulevia.

    • nopoles 1.40 / 7.12.2014 Pikalinkki | Vastaa

  • nopoles 13.21 / 11.10.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Aina valmiina kuolemaan puolestasi 

    Billions of cells - no, tens of trillions

    ”Aina kun tunnet itsesi surulliseksi, muista että elimistössäsi on miljardeja (engl. billions) soluja, jotka eivät välitä mistään muusta kuin sinusta” – tällainen tarina kiertelee parhaillaan sosiaalisessa mediassa.

    Onhan tuo tarina tietysti ihan totta… Samassa mielessä kuin on ihan totta, että hyvätuloinen ihminen voi tienata kymmeniä euroja vuodessa… Aika moniakin kymmeniä…

    Ei sekään varsinaisesti väärin ole sanoa, että Suomessa asuu satoja ihmisiä. Eiköhän selkeämpi olisi kuitenkin kertoa lukujen suuruusluokat suoraan niin kuin ne ovat, näin:

    ”Aina kun tunnet itsesi surulliseksi, muista että elimistössäsi on kymmeniä biljoonia (engl. tens of trillions) soluja, jotka eivät välitä mistään muusta kuin sinusta.”

    Edellisessä tarinassa on tietysti huomioitu vain ihmissolut. Jos tunnet itsesi surulliseksi, muista myös, että myös sisälläsi olevat bakteerisolutkin välittävät sinusta. Ainakin osa niistä. Ainakin vähän.

    …ja bakteerisolujahan on sisälläsi noin kymmenen kertaa enemmän kuin omia solujasi…
    [Edit: tähän mantraan muutos, katso kommentit]

    Seuraavaksi kerron vielä kovemman jutun…

    Aina kun tunnet itsesi surulliseksi, muista että:

    joka sekunti
    noin miljoona solua sisälläsi
    TAPPAA itsensä,
    että sinä voisit hyvin.

    Edellistä pitää ehkä vähän sulatella, otetaan se vielä uusiksi toisin sanoin: ihmiskehossa keskimäärin noin miljoona solua sekunnissa käy läpi hallitun solukuoleman eli apoptoosin (1).

    Syitä ohjelmoituun solukuolemaan on monia:
    -Apoptoosi on soluun ”tehdasasetuksissa” asennettu oletusohjelma – tarvitaan joitain ”ylimääräisiä” signaaleja ja ylläpitoa, että ohjelma ei käynnisty ja solu tapa itseään.
    Syöpäsoluiksi muuttuneita tai muuttuvia soluja kuolee koko ajan itsekseen.
    -Itsensä hallitusta hajottavassa solussa ei välttämättä ole mitään vikaa, sitä ei vain enää tarvita. Sikiön sormet ja varpaat syntyvät niin, että tulevien sormien välissä olevat solut kuolevat ja hermosoluista jää henkiin vain se vähemmistö, joka onnistuu luomaan hyvät kytkennät toisiin hermosoluihin.
    -Solusi tappavat hallitusti myös toisiaan: sairas solu viestii t-lymfosyyttisoluile ”olen infektoitunut, tule ja tapa minut” (1).

    (1) Ohjelmoidun solukuoleman tutkija, neurotietelijä Urmas Arumäe esitelmässään Biosynteesi -symposiossa 2013

     
    • nopoles 22.52 / 18.1.2015 Pikalinkki | Vastaa

      apoptosis hair growt per year

      Tässä kuvassa on arvioitu, että kehossa tapahtuu vuodessa (tänäkin vuonna) 18-25 biljoonaa (18-25×10^12) apoptoosia eli ohjelmoitua solukuolemaa.

      Sen kun jakaa vuoden sekuntien määrällä, saa tulokseksi noin 500 000 – 800 000 ohjelmoitua solukuolemaa per sekunti.

      Joka sekunti noin puoli miljoonaa elävää olentoa tekee itsemurhan, että sinä voisit jatkaa elämääsi.

      Muutakin mukavaa tuosta kuvasta voi laskeskella. Jos hiukset kasvavat kuusi tuumaa vuodessa ja päässä on satatuhatta hiusta, ne kasvavat yhteensä noin 15 kilometriä vuodessa.

      Meillä blondeilla hiuksia on päässä hyvinkin puoletoistasataa tuhatta. Meidän hiuksemme kasvavat vuodessa yhteensä puolimaratonin verran pituutta. Siinäpä mukavaa ajateltavaa lenkille 🙂

    • nopoles 9.56 / 25.2.2016 Pikalinkki | Vastaa

      ”…ja bakteerisolujahan on sisälläsi noin kymmenen kertaa enemmän kuin omia solujasi…”

      Oijoi, ei olekaan, minäkin olen vaan toistanut tätä mantraa, bakteerisoluja ja ihmissoluja onkin sisälläsi suunnilleen yhtä paljon – ja kakalla käymisen jälkeen ihmissoluja voi olla enemmän (Sender ym. 2016).

      ”The authors trace the 10:1 mantra back through the literature to an ancestral lone “back-of-the-envelope” estimate published in 1972” http://blogs.plos.org/blog/2016/01/15/why-count-stools-in-the-human-microbiome/

      Sender, R., Fuchs, S. ja Milo, R. 2016: Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. http://biorxiv.org/content/early/2016/01/06/036103

  • nopoles 15.50 / 26.8.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Keisarilyhytsiipi 

    ”Isä, mikä tää on!?”

    On se hyvä, että joku on tarkkana sellaisissakin paikoissa, mistä ei odottaisi mitään ihmeellistä löytävänsä.

    Olimme jo lähdössä pois mökkinäyttelyalueelta moottoritien varresta, mutta hyvä kun menin vielä tarkistamaan, mitä kuusivuotias oli tarkoilla silmillään epämääräisestä remonttijätekasasta löytänyt. Äänensävy oli sen verran innokas, että arvelin, että löytyi jotain muutakin kuin jokin ”rautatavara”.

    Jokin hyönteinen, ehdin nähdä sen hetken ennen kuin se juoksi piiloon heinikkoon (myöhemmin osoittautui, että piiloutuminen on otuksen bravuuri.)

    Jos eläintä ei olisi enää uudestaan löytynyt, olisin jäänyt pahasti hämäämään, että mikä ihmettä me oikein näimme.

    Iso ja nopea hyönteinen, pääväri musta lisäksi punaruskeaa ja kirkasta kullankeltaista.

    Pistiäinen? Mutta missä sen siivet olivat? Sitä paitsi se nosti takapäätään varoitukseksi hyvin epäpistiäismäisesti – pikemminkin skorpionimaisesti – ylöspäin.

    Onneksi saimme eläimen kaivettua esiin heinien seasta ja saatoin nähdä, että joku lyhytsiipinen se oli, kovakuoriainen siis.

    Samantien heräsi rarifiilis. Näin iso ja näyttävä hyönteinen olisi varmasti suomalaisten yleishyönteiskirjojen vakiokamaa, jos se olisi yhtään yleinen. En edes tiennyt, että Suomessa on näin isoja lyhytsiipisiä.

    Määritettäväksihän se piti ottaa ja siinä olikin pieni pulma, kun tyypillä oli ilmiselvät ”älä koske” –varoitusvärit ja käytettävissä oli vain paljaat kädet. En uskaltanut ottaa siitä kiinni sormilla, vaan otin sen kämmenien sisään ja annoin sitten juoksennella käsivarrella kunnes pääsimme autolle, josta löytyi ötölle purkki.

    Kotona heti googlaamaan ja… no niin: kuningaslyhytsiipi tai keisarilyhytsiipi!

    Helppoja lajituntomerkkejäkin löytyi hyönteisfoorumilta, scutellum on silmiinpistävän musta, ei keltaisen karvojen peittämä, iso kokokin tukee määritystä: tämä on keisari, joka on kuningasta harvinaisempi tapaus.

    Keisarilyhytsiipi Staphylinus caesareus

    Imperial rove beetle! Aika komeaa.

    Eläin osoittautui hurjaksi pedoksi, joka teki selvää jälkeä isohkosta hämähäkistä ja kävi myös purkkiin laitetun paljon itseään isomman lieron kimppuun.

    Keisarilyhytsiipi luokitellaan uhanalaiseksi, joten lienee paikoillaan raportoida tarkat löytötiedot:

    Staphylinus caesareus
    17 Aug 2014
    Nurmijärvi, Finland
    60°28’44.3352″N , 24°50’51.1044″E
    Kolkkala, K. leg., Kolkkala, M. det.

    Keisarilyhytsiipi (Staphylinus caesareus) varoittelee

     
    • nopoles 9.12 / 19.5.2016 Pikalinkki | Vastaa

      Taitaa olla keisarilyhytsiipi yleistymään päin – olen huomannut netin ötökkäpalstoilta tänä keväänä jo neljä eri tiedustelua lajista. Nyt jo tuntisin.

    • Juniper 7.25 / 20.5.2017 Pikalinkki | Vastaa

      Siltä näyttää minustakin: bongasin eilen kaksi keisarilyhytsiipeä – eri puolilta pihaamme Naantalissa. Muistan näitä aiemminkin tavanneeni. Jotenkin pelottavan iljettäviä – kaikessa kauneudessaan! 😉

  • nopoles 21.15 / 24.7.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Tunnistamaton eläin: muurahaisia jaloillaan jäljittelevä punkki 

    Mikä tämä on? Satatuhatta laisciaisen PIMS*-pistettä sille joka tunnistaa kuvan eläimen!

    Eatoniana plumipes mite Zakynthos Greece

    Olimme kesäkuussa lomalla Zakinthoksen saarella Kreikassa. Erikoiset punkit kiinnittivät huomiomme tutkimusretkellä, jonka teimme eläimistä kiinnostuneen kollegani (6 v.) kanssa kuivalle ja heinittyneelle tyhjälle tontille sadan metrin päähän hotellistamme (tarkat koordinaatit löytyvät jutun lopusta).

    Punkkien takimmaisissa jaloissa oli mustat mötikät, jotka kiikaria luuppina käyttäen paljastuivat sitten pulloharjan kaltaisiksi karvatupsuiksi. Outojen ulokkeiden käyttötarkoitus oli maastossa heti ilmeinen. Punkki jäljitteli takimmaisilla jaloillaan muurahaisia!

    Muurahaisia niityllä oli runsaasti. Yksi muurahaislaji oli tuolla paikalla ja koko saarella hyvin yleinen, mutta senkin määrittäminen osoittautui myöhemmin yllättävän kinkkiseksi. Suvuksi olen saanut määritettyä Lasius. Suvun muurahaiset eivät ymmärtääkseni kuulu Kreikan saariston alkuperäiseen lajistoon ja eri saarille on levinnyt ihmisen mukana sekalaisia lajitelmia Lasiusten sekavasta lajikompleksista.**

    Punkin määritystyö hankaloituu, jos se on juuri tämän yhden muurahaislajin seuralainen, josta en tarkkaan tiedä mikä se on ja mistä alun perin kotoisin.

    Kun punkki liikkui niityllä, sitä sai katsoa aika tarkkaan ennen kuin huomasi, että tarkkailee vain yhtä eläintä, eikä kolmea! Harmaalla punertavajalkaisella punkilla oli auringonpaahteisessa maastossa parempi suojaväri kuin tummemmilla muurahaisilla, joten huolimattomasti katsottuna punkki olisi jäänyt muurahaisvilinästä helposti kokonaan huomaamatta. Onneksi tutkimme niityn elämää tarkkaavaisesti (kuusivuotias entomologi keräsi myös sittiäisiä, hurjan kovakuoriaistoukan ja vielä hurjemman pienen hämähäkin).

    Punkki selvästi tehosti muurahaisvaikutelmaa nykimällä jalkojaan, niin että karvatupsujen liike muistutti muurahaisille tyypillisiä äkillisiä suunnanmuutoksia niiden poiketessa hetkeksi reitiltään tarkistamaan vastaantulijat pikaisella tuntosarvikontaktilla.

    Sellainen hypoteesihan tässä helposti herää, että punkki saa ulkonäöstään ja käyttäytymisestään etua, koska monet pedot välttävät joukkovoimaisia ja hyvin aseistettuja muurahaisia.

    Loman jälkeen ajattelin katsoa netistä mistä eläimestä on kyse ja mitä siitä tiedetään. Mutta eipä sitä niin vaan katsottukaan! Kaikki googlailuni ovat toistaiseksi vetäneet vesiperän. Niin näkyvästä eläimestä oli kyse, että ei se ja sen tavat voi olla tieteelle tuntemattomia. Ovatko kaikki tiedot ”muurahaisjalkapunkista” jossain vanhoissa artikkeleissa, joita ei internetistä löydä?

    Satatuhatta PIGG-pistettä*** sille joka saa googlattua esiin tämän ötökän identiteetin!

    *PIMS = Paras Ikinä Määrittäjä-äSsä
    **Pienestä koostaan huolimatta Zakinthoksen Lasiukset tekivät nopeasti selvää isoistakin hyönteisistä ja esimerkiksi auton alle jääneistä muurisisiliskoista ja käärmeistä. Kaikki makeakin niille toki kelpasi.
    ***PIGG = Paras Ikinä GooglaajaGuru

    Lisäys 31.7.2014: tämänkertaiset PIMS-pisteet menevät Harry Nyströmille. Lisäsin määrittäjän nimen kunniapaikalle etikettiin:

    Eatoniana plumipes
    9 June 2014
    Kalamaki, Zakynthos, Greece
    37°44’19.37”N, 20°53’28.68”E
    Leg. Kolkkala, K. & Kolkkala, M.
    Det. Nyström, H.

    Google Earthin satelliittikuva punkin löytöpaikasta.
    Street view -autokin on näemmä ajanut Zakinthoksen saarella:

    Muurahaispunkin löytöpaikka Google Earth

    Tuon kuvassa näkyvän veneenraadon takana niitä punkkeja oli!

     
    • nopoles 20.43 / 31.7.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Ai niin, nuo karvatupsut myös irtosivat punkkien jaloista melko helposti, jos eläimiä käsitteli huolimattomasti. Toimivat varmaan myös niin, että jos joku peto saa ”muurahaisesta” kiinni, punkki voi päästä karkuun.

      • nopoles 23.24 / 31.7.2014 Pikalinkki | Vastaa

        Eatoniana plumipes – nyt kun on nimi, niin voi etsiä tietoa!

        ”Fabulous feathered mite’ia” on hehkutettu ja sen karvatupsujen merkitystä ihmetelty ja niillä vitsailtu Why evolution is true -blogissa.

        Kumma kyllä, kukaan ei näytä missään esittäneen sitä hypoteesia että kyse olisi muurahaismimikrystä, vaikka se minusta vaikutti silloin kentällä aivan päivänselvältä.

        Pitäisihän tuo nyt selvittää, tarunomaisen sulkapunkin arvoitus 🙂

        Tutkimuksen paikka!

  • nopoles 21.48 / 30.5.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Kivikuntaa, kasvikuntaa vai eläinkuntaa? 

    Peppi Pitkätossu keksi sanan pönkki, mitä se sitten lopulta mahtoikaan tarkoittaakaan…? Tässä muita vähän samalta kuulostavia arvoituksellisia sanoja pohdittavaksi (-:

    Raidakki, hakki, salmiakki, armanjakki, harjakki, muntjakki, ailakki, keilakki, sumakki ja anorakki (1-10)

    Nunatakki, tanrekki, pihdikki, hanhikki, piikki, almikki, kolmikki, manikki, arsenikki ja leinikki (11-20)

    Sopikki, limerikki, lurikki, kasikki, pussikki, pusikki, seitikki, talvikki, skinkki ja minkki (21-30)

    Skunkki, munkki, tunkki, pedokki, lehdokki, liidokki, kihokki, kohokki, maniokki ja lokki (31-40)

    Pallokki, hemlokki, lennokki, kaunokki, verrokki, ruokki, orvokki, monarkki, falanukki ja manukki (41-50)

    Gerenukki, keripukki, trukki, tuoksukki, tupsukki, pavukki, tyräkki, myyräkki, västäräkki ja kapsäkki (51-60)

    Pysäkki, mökki ja pyökki (61-63)

    Jälkeenpäin mieleen tullut lisäys: kilkki (64, kuuluisi talvikin ja skinkin väliin).

     
    • nopoles 11.33 / 31.5.2014 Pikalinkki | Vastaa

      Kymmenen ensimmäistä ”-kkiä”

      1. Raidakki
      Hämähäkki. Lajit pikku-, puna- ja kiiltoraidakki. ”Hämikeille” on keksitty paljon uusia ovelia lyhyitä nimiä.

      2. Hakki
      Lintu. Lajit pähkinähakki ja amerikanhakki.

      3. Salmiakki
      Ammoniumkloridi. Karkkien mauste. Hollannissa saa tehdä väkevämpiä salmiakkeja kuin Suomessa, Tanskassa tai Ruotsissa. Juuri muut eivät sitten hyvän päälle ymmärräkään.

      4. Armanjakki
      Juoma. Enpä liene maistanut, mutta maistunee etanolille, käyneille rypäleleille ja puulle (tammi). Kieltolaki kieltää tekemästä juomaa muualla kuin Armagnacissa, missä sellainen sitten lieneekään.

      5. Harjakki
      Hämähäkki. Lajeja puna-, suo- ja savuharjakki.

      6. Muntjakki
      Nisäkäs. Hirvieläin, joka osaa haukkua ja jolla on torahampaat. Lajeja mm. mutjakki ja kiinanmuntjakki.

      7. Ailakki
      Kasvi. Kukka, lajeja mm. puna-, tahma- ja yöailakki.

      8. Keilakki
      Hämähäkki.

      9. Sumakki
      Kasvi. Heimo ja suku. Sumakkien heimoon kuuluu hedelmiä, pähkinöitä, mausteita ja vaikka mitä. Sumakkien sukua ollaan jakamassa useampaan uuteen sukuun, joten paha sanoa tässä vaiheessa mitä siihen kuuluu.

      10. Anorakki
      Vaate. Takki, valmistetaan esimerkiksi hylkeen nahasta tai (nykyään paljon useammin) teknisestä kankaasta (ovelaa ainetta).

  • nopoles 13.11 / 20.5.2014 Pikalinkki | Vastaa  

    Kun tursas tapaa oman lonkeronsa 

    Tursaat haistelevat ja tunnustelevat ympäristöään kahdeksalla lonkerollaan ja samalla lonkeroiden imukupit tarraavat tiukasti kiinni alustaansa.

    Ehkä hiukan hämmentävästi tursaan lonkero jatkaa ympäristön tutkimista ja imukupit kiinnittymistä tunnin verran, vaikka lonkero olisi syystä tai toisesta irronnut loppueläimestä. Irrallinen lonkero myös reagoi esimerkiksi pistelyyn kuin se kokisi kipua.

    Lonkeron imukupit tarttuvat kaikkeen mahdolliseen – paitsi tursaan ihoon. Tämä epäilemättä helpottaa tursaan kahdeksan lonkeron hallintaa, kun eläimen ei tarvitse keskittyä siihen, etteivät lonkerot tartu ja sotkeennu toisiinsa (Nesher ym 2014).

    Tutkijat havaitsivat, että imukuppien tarttumisen estämiseen riittää tursaan ihosta tehty uute, joten imukupit irti pitävä viesti lienee kemiallinen.

    Tursaan lonkerot ja niiden imukupit toimivat kuin automaattiohjauksella. Lonkerot tekee varsin autonomisiksi se, että niissä on yhteensä noin kaksi kolmasosaa tursaan hermostosta. Jokaisessa lonkerossa on tavallaan yksi kahdestoistaosa tursaan aivoista (tähän väliin sopii ottaa nojatuolifilosofiaa siitä, että mikä on yksilö…).

    Mustekalan ruumiissa olevalla yhdellä kolmasosalla hermoista näyttää tutkimuksen mukaan kuitenkin olevan veto-oikeus lonkeroiden toimintaan: vaikka irrallinen lonkero ei koskaan tarttunut tursaan ihoon, kokonaisen mustekalan lonkerot toisinaan tarttuivat.

    Imukuppien tarttumisvoima riippuu siitä mitä ne kohtaavat. Kalanpala on hyvää ruokaa ja siihen imukupit tarraavat tiukasti kiinni. Tursas on myös hyvää ruokaa. Tursaan lonkeron kohtaaminen onkin tursaalle pieni dilemma – varsinkin, jos lonkero on oma.

    Imukuppien automatiikka yrittää välttää tursaan ihoon koskemista ja se pitää voittaa – kenties mukana on jonkinasteista tietoisuutta, mustekala päättää, että ”tuosta nyt vaan nappaan kiinni, vaikka lonkero ei millään haluaisi”.

    Tutkijoiden kokeiden mukaan tursaat vallan mainiosti tunnistivat omat irralliset lonkeronsa muiden tursaiden irrallisista lonkeroista. Toisen yksilön irtopalaan käytiin kiinni hanakammin kuin omaan. Oma lonkero jäi useammin syömättä, tai jos se syötiin, siitä ei pidetty kiinni muuten kuin nokalla.

    Lähde: Nesher, N., Levy, G., Grasso, F. W. ja Hochner, B. 2014: Self-recognition mechanism between skin and suckers prevents octopus arms from interfering with each other. Curr. Biol. Online ennakkojulkaisu 15.5.

     
c
luo uusi viesti
j
seuraava artikkeli / seuraava kommentti
k
edellinen artikkeli/edellinen kommentti
r
Vastaa
e
Muokkaa
o
Näytä/piilota kommentit
t
Mene ylös
l
kirjaudu sisään
h
näytä tai piilota ohje
shift + esc
Peruuta